根据区科协工作职责，下设三个职能部（室）和一个服务中心。

　　（一）办公室

　　协调机关的日常工作；拟定科协工作规划和年度计划并协助科协领导组织实施；承担各种会议的组织和综合性文件的起草工作；承担机关文秘、机要、保密、档案、统计、信访及财务、保卫、后勤等机关事务工作；承担机关离退休干部管理和服务工作；负责机关及二级单位的组织人事工作；负责宣传落实党和政府的知识分子政策，反映科技工作者的呼声和要求，举荐科技人才、表彰先进和组织疗养，维护科技工作者合法权益。

　　（二）科普部

　　拟定科普工作规划和年度计划并组织实施；策划、组织、指导"全国科普日"等大型科普活动；参与有关科普工作的规定、办法的拟定，提供政策咨询服务；组织科协系统开展科普活动，宣传科学思想，普及现代科学知识，提高全民科学素质和城乡科学文明水平；开展科普宣传、科普教育、实用技术培训及推广工作；指导科协系统、科技馆等科普设施、科普队伍的规划、建设与管理工作；承担区全民科学素质行动计划纲要领导小组及办公室的日常工作。

　　（三）学会部

　　拟定科协学术活动规划，依法监督、管理所属的科学技术团体，组织、协调、指导其开展学术交流活动；组织科学技术团体承担或参与科学技术、经济、社会发展中的重大课题和项目论证、决策咨询和科学技术攻关活动，提出政策建议，促进科学技术成果的转化；组织自然科学优秀论文、优秀建议的评审与表彰。开展民间、国际科技交流与合作；发展与港、澳、台地区科技界及海外科学技术团体、科学技术工作者的民间交往和联系。

　　（四）南阳市卧龙区科技咨询服务中心

　　负责全区科协系统科技咨询服务活动的组织、指导、协调与管理；网罗我区乃至各领域科技专家信息，形成人才荟萃的专家人才库，为我区科技创新和经济社会发展汇聚力量；组织有关专家开展咨询理论研究和学术交流，围绕涉及全区的经济社会发展中的重大事项，组织开展可行性研究、科技评估，为经济社会发展提供决策咨询和科学论证；组织广大科技人员参加科技咨询，通过开展多种形式的技术开发、技术转让、技术咨询、决策咨询、管理咨询等活动；承办区委、区政府和区科协交办的其它活动。